0
Настраивал свой Elcipse Indigo под такое поведение.

Может кому полезно будет, ибо непрозрачно с первого раза было.
Make файл там самогенерируется на основании свойств проекта, и править его руками не вариант.

Заходим в свойства проекта:
Для "-ffunction-sections и -fdata-sections":
Menu: Project->Properties->C/C++ Build->Settings->AVR Compiler->Optimization:
включить галки на
Each function in its own section (-ffunction-sections)
Each data item in its own section (-fdata-sections)

Для "-Wl,-gc-sections":
У линкера галки нет, поэтому руками в доп параметры:
Menu: Project->Properties->C/C++ Build->Settings->AVR Linker->General:
в поле «Other Arguments» пишем -Wl,-gc-sections


В итоге на проекте с Мегой16 и несколькими библиотеками ходящими из проекта в проект, где много функций написаны про запас и для отладки, получил уменьшение с 12668 байт до примерно 6200 байт кода прошивки.